Je voudrais simplement savoir ce qu'il se passe lorsqu'on détruit les bactéries qui colonisnet le filtre (quand on le nettoie, par exemple) Quelles en sont les conséquences

Tu auras un pic de pollution dans les semaines avenir.
Si le nettoyage de ton filtre consiste à un simple rincage il n'y a aucun probleme; il restera assez de bacteries pour recoloniser ton filtre.

Sinon pour en avoir toujour beaucoup si vous avez un filtre biologique( ou à fermantation) vous pouvez mettre des nouilles de céramiques il ne faut pas les nettoyer et c'est un exelent endroit pour les bactéries.On en trouve dans toutes les bonnes animaleries.